しかし2度目のレース再開直後、ARTA BMW M6 GT3がJMS RC Fと接触し1コーナーでオーバーラン。さらに、植毛 GT-Rがフォーラムエンジニアリング GT-Rと同じく最終コーナーでスポンジバリアに衝突。このインシデントによって、三度目となるセーフティカーが導入された。
53周目にレースが再開されると、この時点でピットインをしていなかったLEON AMGやJMS RC F 、SUBARU BRZ R&D SPORTらが相次いでピットへ。
この隙に先にピットを済ませていたGAINER AMGがトップへ浮上。2回目と3回目のセーフティカーの間にピットを済ませたFerrari 488 GT3が2番手に続き、その後ろにグッドスマイル 初音ミク AMG、VivaC 86といったオーダーになる。
レース終盤、トップのGAINER AMGとFerrari 488が単独走行状態となった一方で、3位争いが激化。67周目には初音ミク AMGの背後にVivaC 86が迫る。VivaC 86の松井孝允は1～2コーナーで初音ミク AMGの谷口信輝のイン側をうかがうが、ここは谷口がガード。
しかし、その翌周、谷口が1コーナーでGT500のマシンにラインを譲ったわずかな隙を突いて、松井が2コーナーでマシンの鼻先を谷口のインへねじこみオーバーテイク。表彰台圏内に浮上した。
これで前が開けた松井は、1分21秒台を連発する走りで上位2台を猛追するが、追いつくことは叶わずチェッカー。混乱のレースを戦い抜いたGAINER AMGが7秒のリードをもって優勝を飾り、Ferrari 488が2位表彰台を手にした。
優勝したGAINER AMGの平中克幸とビヨン・ビルドハイムにとっては2014年シーズンの最終戦もてぎ以来となる優勝となったほか、2位のFerrari 488にとっても今季序盤の不振を跳ねのける表彰台となった。
2017年のスーパーGTは1週間のインターバルを経て夏の3連戦の第2ラウンド、第5戦が8月5～6日に富士スピードウェイで行われる。
