MotoGP第6戦イタリアGP、MotoGPクラスは、イタリアのムジェロサーキットで2日目の予選を行ない、マーベリック・ビニャーレス（ヤマハ）が1分46秒575でポールポジションを獲得した。
MotoGPクラスの3回のフリー走行でトップに立ったのはバレンティーノ・ロッシ（ヤマハ）。トレーニング中に負ったケガを抱え、レースへの出場すら不安視されていたロッシだが、フリー走行3回目でトップタイムを記録し、トップでQ2に進出した。
総合11番手以下のライダーによって争われるQ1で上位につけたヨハン・ザルコ（ヤマハ）とダニロ・ペトルッチ（ドゥカティ）のふたりを加えた12名のライダーによって、気温28度、路面温度55度のドライコンディションで、Q2は争われた。
1回目のアタックをリードしたのはQ1で2番手につけQ2に進出したペトルッチ。残り5分を切って2回目のアタックが始まると、ダニ・ペドロサ（ホンダ）がリーダーボードのトップに浮上する。
しかし、その直後にアルバロ・バウティスタ（ドゥカティ）がファステストラップを更新。さらに残り2分を切ったところでビニャーレスが1分46秒575を記録。このタイムを上回る者はおらず、ビニャーレスが前戦フランスGPに続く、今シーズン3回目のポールポジションを獲得した。
ロッシはフリー走行4回目で転倒を喫したが、Q2では終盤のアタックで1分46秒814を記録。この時点ではペトルッチが2番手につけていたが、ペトルッチの当該ラップはコース外走行でキャンセルとなり、ロッシが2番グリッドを獲得。ヤマハが予選ワンツーを獲得した。
3番手に1分46秒835でアンドレア・ドビジオーゾ（ドゥカティ）が続き、今シーズン初のフロントロウを獲得。ワイルドカード参戦のミケーレ・ピロ（ドゥカティ）が1分46秒878で4番手に続いた。
