MotoGP第17戦マレーシアGP、MotoGPクラスは、マレーシアのセパン・インターナショナルサーキットで2日目の予選を行ない、ダニ・ペドロサ（ホンダ）が1分59秒212でポールポジションを獲得した。
MotoGPクラスの3回のフリー走行でトップに立ったのは、フリー走行3回目でトップタイムを記録したバレンティーノ・ロッシ（ヤマハ）。総合11番手以下のライダーによって争われるQ1で上位につけたアレックス・リンス（スズキ）とポル・エスパルガロ（KTM）の二人を加えた12名のライダーによって、Q2は気温34度、路面温度47度のドライコンディションで争われた。
ペドロサは1回目のアタック開始約5分でリーダーボードのトップに立つ。直後にホルヘ・ロレンソ（ドゥカティ）がトップに浮上し、6分30秒すぎにヨハン・ザルコ（ヤマハ）が逆転して、1回目のアタックを終了する。
2回目のアタックが始まると、ペドロサがまずトップに浮上。直後にバレンティーノ・ロッシ（ヤマハ）、アンドレア・ドビジオーゾ（ドゥカティ）とトップが入れ替わり、ザルコが最後のアタックでファステストを更新してトップに立つ。しかし、アタックラップに出ていたペドロサが1分59秒212を記録して逆転、ペドロサが今季3回目のポールポジションを獲得した。
ザルコが1分59秒229で2番手に続き、ドビジオーゾが1分59秒236で3番手とフロントロウを獲得。フリー走行3回目でトップタイムを記録し、総合トップでQ2に臨んだロッシは、1分59秒498で4番手となった。
5番手に1分59秒538でマーベリック・ビニャーレス（ヤマハ）、6番手に1分59秒622でロレンソが続き、マルク・マルケス（ホンダ）は1回目のアタックラップの最終コーナーで転倒、ピットに戻ってマシンを乗り換え、1回目のアタックを3番手で終了したが、2回目のアタックでは1分59秒694と自己ベストは更新したものの、7番手で終えた。Q1トップのリンスが1分59秒992で8番手を獲得。9番手に2分00秒119でアンドレア・イアンノーネ（スズキ）が続き、カル・クラッチロー（ホンダ）は2回目のアタック開始直後に7コーナーで転倒、2分00秒181で10番手となった。
ジャック・ミラー（ホンダ）が2分00秒326で11番手、Q1を2番手でQ2に進んだポル・エスパルガロだが、Q1の終盤のアタック中に12コーナーで転倒、マシンを乗り換えてQ2に挑んだが、2分00秒770で12番手に終わった。
以下、Q1のタイム順にダニロ・ペトルッチ（ドゥカティ）は2分00秒351で13番手、スコット・レディング（ドゥカティ）は2分00秒451で14番手、アルバロ・バウティスタ（ドゥカティ）は2分00秒469で15番手。
ブラドリー・スミス（KTM）が2分00秒718で16番手、ロリス・バズ（ドゥカティ）は2分01秒050で17番手となったが、Q1の終盤のアタックラップ中に11コーナーで転倒を喫した。サム・ロウズ（アプリリア）が2分01秒207で18番手、ティト・ラバット（ホンダ）が2分01秒228で19番手、エクトル・バルベラ（ドゥカティ）が2分01秒413で20番手、カレル・アブラハム（ドゥカティ）が2分01秒570で21番手の順で続き、ジョナス・フォルガー（ヤマハ）の代役として参戦するマイケル・ファン・デル・マーク（ヤマハ）はQ1の終盤のアタック中に5コーナーで転倒、2分02秒376で22番手からMotoGPデビュー戦をスタートすることになった。
