MotoGP第16戦日本GP、Moto3クラスは、栃木県のツインリンクもてぎで予選を行い、ガブリエル・ロドリゴ（KTM）が1分56秒894でポールポジションを獲得した。
Moto3クラスの予選は気温22度、路面温度33度のドライコンディションで争われた。
1回目のアタックでトップに立ったのはマルコ・ベゼッチ（KTM）。ベゼッチは開始10分すぎに1分57秒264を記録しトップとなる。
残り15分を切ったところでロドリゴが1分57秒258を記録しファステストを更新。残り5分を切って最後のアタックに向けて各ライダーがコースインする。
ラストアタックでまずトップに立ったのはエネア・バスティアニーニ（ホンダ）。バスティアニーニは1分57秒194を記録する。
その後方の集団の先頭でアタックしていたホルヘ・マルティン（ホンダ）が1分57秒118を記録してバスティアニーニのタイムを逆転するが、直後につけていたロドリゴがそれを上回る1分56秒894を記録する。
このタイムを上回るものは現れず、ロドリゴが今シーズン初、Moto3クラス通算3回目となるポールポジションを獲得した。
ロドリゴに続いていた、ジョン・マクフィー（KTM）がラストアタックで1分56秒969で2番手に続き、ベゼッチはラストアタックで記録した1分57秒014で3番手を獲得。
マルティンが1分57秒118で4番手となり、5番手に1分57秒120でダリン・ビンダー（KTM）、6番手に1分57秒194でバスティアニーニ、7番手に1分57秒202でデニス・フォッジア（KTM）の順で続いた。
真崎一輝（KTM）は、ロドリゴらと同じ集団の中でラストアタックに臨み、チェッカーを受けた時点では5番手だったものの、1分57秒260で8番手となった。前戦タイGPではフロントロウを獲得している真崎は、2戦連続で予選トップ10入りを果たした。
佐々木歩夢（ホンダ）はラストアタックの7コーナーでハイサイド転倒、1分57秒610で13番手に。鈴木竜生（ホンダ）は残り10分の9コーナーで転倒を喫し、最後のアタックに臨むことができず、1分58秒411で26番手につけた。
鳥羽海渡（ホンダ）は1分58秒659で28番手、ワイルドカード参戦の岡崎静夏（ホンダ）は2分03秒453で29番手、福嶋佑斗（ホンダ）は開始15分すぎに5コーナーで転倒を喫したものの、再スタートし、2分03秒584で30番手となった。
以下、Moto3クラス予選の順位結果。
