MotoGP第13戦サンマリノGPの予選がミサノ・ワールド・サーキット・マルコ・シモンチェリで行われ、MotoGPクラスはマーベリック・ビニャーレス（モンスターエナジー・ヤマハMotoGP）がポールポジションを獲得した。2番手にはポル・エスパルガロ（レッドブル・KTM・ファクトリーレーシング）が続いた。
フリー走行3回目は気温26度、路面温度31度のドライコンディションで始まった。序盤はマルケス、マーベリック・ビニャーレス（モンスターエナジー・ヤマハMotoGP）、ファビオ・クアルタラロ（ペトロナス・ヤマハSRT）がトップタイムを更新し合い、マルケスが1分33秒051をマークすると、しばらくトップタイムは膠着状態が続いた。
セッション残り時間10分となるころにはポル・エスパルガロ（レッドブル・KTM・ファクトリーレーシング）が2番手タイムをマーク。さらにセッション残り時間3分をきるころには、ビニャーレス、そしてクアルタラロがタイムを更新し、クアルタラロが1分32秒081でトップに浮上する。ポル・エスパルガロも自己ベストを更新したことで、マルケスは4番手に後退した。
最終的に、クアルタラロがそのままこのセッションを制した。2番手はビニャーレス、3番手がポル・エスパルガロで、マルケスは4番手につけている。中上は最後のアタックで、トップから約1秒差の1分33秒098を記録。このタイムで、一時、5番手につけるも
最後にフランコ・モルビデリ（ペトロナス・ヤマハSRT）にタイムを更新され6番手。予選Q2進出を決めている。
予選日最初のセッションもヤマハ勢の好調は続き、トップ5以内に3人のライダーが入った。なお、ロッシは7番手につけている。一方、上位に食い込めずにいるのはドゥカティで、ミケーレ・ピロ（ドゥカティ・チーム）の9番手が最上位という状況である。
フリー走行4回目はトップがマルケス、2番手がビニャーレス、3番手がクアルタラロ。さらに4番手にモルビデリ、6番手にはロッシがつけるなど、ヤマハ勢が上位を席巻し、マルケスが食い込む図式に変わりはない。
また、フリー走行4回目では残り3分でマルケスが8コーナーで転倒。イアンノーネも転倒を喫した。
■予選：マルケスがフロントロウを逃す。KTMのポル・エスパルガロが初フロントロウ
予選Q1は気温25度、路面温度40度のドライコンディションで始まった。Q1から予選に臨むのは、ホルヘ・ロレンソ（レプソル・ホンダ・チーム）やカル・クラッチロー（LCRホンダ・カストロール）、ジョアン・ミル（チーム・スズキ・エクスター）、ダニロ・ペトルッチ（ドゥカティ・チーム）、ジャック・ミラー（プラマック・レーシング）などの面々だ。
イアンノーネはフリー走行4回目の転倒によりメディカルセンターに運ばれ、このために予選Q1には出走していない。
開始早々、ターゲットタイムを記録したのはヨハン・ザルコ（レッドブル・KTM・ファクトリーレーシング）。しかしそのタイムを、ミルが更新する。最初のアタックを終え、ミルがトップ、2番手にミラーが続く状況だ。
予選Q2進出をかけたセカンドアタック。セッション残り時間2分を切って、クラッチロー、ザルコなどが続々とタイムを更新する。ザルコは1分33秒147のタイムでミルのタイムを0.338秒上回り、トップに浮上。このままQ1を制し、Q2進出を決めた。
Q1突破のもうひと枠は、最初のアタックのタイムそのままで2番手をキープしたミル。プラマック・レーシングのミラーやフランセスコ・バニャイア、ペトルッチなどドゥカティ勢はQ1で予選を終え、苦戦が続いている。
続いて行われた予選Q2。アウトラップ後のアタックで1分32秒台のタイムを叩き出してトップに立ったのはクアルタラロだった。クアルタラロはその翌周にもタイムを更新。さらにモルビデリが続き、最初のアタックはペトロナス・ヤマハSRTがワン・ツーで終える。
セカンドアタックに入り、ビニャーレスがタイムを更新するも、クアルタラロとモルビデリには及ばない。セッション残り時間3分を切って、クアルタラロがトップ、2番手にモルビデリ、3番手にビニャーレス、そして4番手マルケス、5番手ロッシという状況だ。中上は12番手。セッション残り時間2分を切ってタイムを詰めたが、再び11番手に後退してしまう。
セッション最終盤、ポル・エスパルガロ（レッドブル・KTM・ファクトリーレーシング）が一気にジャンプアップ。トップに躍り出る。この時点ですでにチェッカーが振られており、ポル・エスパルガロのKTM初ポールポジションなるかと思われたが、チェッカーフラッグ後のアタックでビニャーレスがトップタイムを叩き出した。
この結果、ポールポジションはビニャーレス。開幕戦以来のポールポジション獲得となった。ポル・エスパルガロは2番手で、レッドブル・KTM・ファクトリーレーシングに移籍して以来初のフロントロウ獲得。KTMにとっても、2017年にMotoGPに参戦して以来初の1列目となった。3番手はクアルタラロ。ヤマハのふたりがフロントロウに並ぶ。
また、最後のアタックでランデブー走行をしていたマルケスとロッシは、最終セクターで交錯。先行していたロッシをマルケスが交わし、その後ふたりのラインが交錯したことで、ともにマシンの挙動を乱した。その結果、マルケスは予選を5番手で終え、2019年シーズンワーストグリッド。ロッシは7番手だった。
4番手にはモルビデリが入っており、予選でもヤマハ勢の優勢は変わっていない。ここまでのフリー走行で苦戦が続いていたドゥカティ勢は、アンドレア・ドヴィツィオーゾ（ドゥカティ・チーム）が6番手。中上はセッションを通じて上位に食い込めず、11番手だった。
2019年のサンマリノGPは、午後、気温が上がってからの路面コンディションが厳しい状況だという。そんななかで、ヤマハ勢の躍進、そしてポル・エスパルガロのKTMにおける初フロントロウという結果となった。
