10月19日、MotoGP第16戦日本GP Moto2クラスの予選が栃木県のツインリンクもてぎで行われ、ルカ・マリーニ（SKY Racing Team VR46）がポールポジションを獲得した。
13時30分から15分間で行われたMoto2予選Q1は、雨は上がっており天候は曇りながら、路面状況はFP3同様にウエット。このQ1には、FP3までの総合結果で15番手以下の18名が走行する。
セッション開始とともにドミニク・エガーター（MV Agusta Temporary Forward）以外の全ライダーがコースイン。エガーターはセッション開始2分半を過ぎたあたりで他のライダーよりも遅れてコースインしていった。
セッション序盤の5分が経過時点では、ソムキャット・チャントラ（IDEMITSU Honda Team Asia）がトップタイム。この時間帯にジェイク・ディクソン（Gaviota Angel Nieto Team）が、9コーナーでスリップダウンを喫している。
10分経過した時点ではホルヘ・ナバーロ（Beta Tools Speed Up）が首位につけていたが、2番手だったレミー・ガードナー（ONEXOX TKKR SAG Team）がラストアタックで2分03秒132を記録しトップに浮上。ガードナー、ナバーロ、そして3番手につけたマルコ・ベゼッチ（Red Bull KTM Tech 3）と、4番手のチャントラがQ2進出を決めた。
Q1終了10分後にスタートしたQ2では、3回のフリー走行で9番手タイムを記録してダイレクトでの進出を決めた長島哲太（ONEXOX TKKR SAG Team）が登場。長島は開始早々にチームメイトのガードナーと同タイミングでコースイン。そのほかのライダーも続々とピットから出ていった。
このときピットアウトしようとしたマリーニが、ニースライダーをつけずにスタートしようとするハプニングも。気づいたビニャーレスが駆け寄ってマリーニにそれを知らせ、事なきを得た。
セッション序盤はアレックス・マルケス（EG 0，0 Marc VDS）がトップだったが、セッション開始5分でロレンソ・バルダッサーリ（FLEXBOX HP 40）が2分02秒212で首位に浮上。マリーニが2番手、3番手にナバーロが続く一方、長島は2分03秒517とタイムが伸びず下位に沈む。セッション中盤にはマリーニが首位に浮上している。
セッションの残り時間が5分を切るころ、9番手につけていたベゼッチがスローダウン。ベゼッチは90度コーナーから最終シケインのアウト側のラインをゆっくり走行したのちマシンを降りて自らマシンを押し、途中からはコースマーシャルの手を借りてピットに戻った。
雨が上がったツインリンクもてぎの路面状況は、走行ラインから次第に回復していった。残り時間が2分になるころには、ガードナーがピットに戻ってタイヤをスリックに変更している。
最終的に、ポールポジションを獲得したのは2分01秒443を記録したマリーニ。マリーニはラストアタックを続けセクター3まで全体ベストを叩き出し、自身のタイムを塗り替え2分00秒985を記録し、2019年シーズンで初のポールポジション獲得となった。
2番グリッドはフェルナンデス、3番グリッドはバルダッサーリ。長島はセカンドアタックでタイムを更新できず、16番手で6列目から決勝レースを迎える。
2019年のMotoGP日本GPの決勝レースは、10月20日13時20分から決勝スタートを迎える。
