MotoGP第11戦アラゴンGPの予選がモーターランド・アラゴンで行われ、MotoGPクラスはファビオ・クアルタラロ（ペトロナス・ヤマハSRT）がポールポジションを獲得した。クアルタラロはフリー走行3回目で転倒を喫し、メディカルセンターに運ばれたものの、予選では見事にポールシッターとなった。中上貴晶（LCRホンダ・イデミツ）は7番グリッドを獲得している。
アラゴンGPは初日終了後、土曜日、日曜日のタイムスケジューの変更が発表された。10月中旬の開催となった2020年のアラゴンGPは路面温度が低く、金曜日の10時ごろには9度前後。このセッションでは開始時間が30分後ろ倒しされた。土日のタイムスケジュール変更は、こうした安全面が考慮されたものだ。MotoGPクラスのフリー走行3回目は当初のスケジュールよりも1時間後ろ倒しとなり、現地時間10時55分（日本時間17時55分）から始まった。
11時近くにスタートしたセッションは、気温10度、路面温度14度のドライコンディション。序盤、中上貴晶（LCRホンダ・イデミツ）がトップタイムをマーク。数分後にはファビオ・クアルタラロ（ペトロナス・ヤマハSRT）にタイムを更新されたものの、中上が2番手につける。
初日総合トップだったマーベリック・ビニャーレス（モンスターエナジー・ヤマハMotoGP）はセッション開始直後にはコースインせず、開始10分後に走行をスタート。ビニャーレスは5周目には、3番手タイムを記録する。
残り時間20分、中上が再びトップタイムをマーク。中上はその翌周にもタイムを更新し、1分48秒406を記録した。中上はこのタイムで、前日の自己ベストを更新した。
残り時間が10分を切ったころ、クアルタラロが14コーナーで転倒を喫する。クアルタラロは振られたマシンから放り出される形でコースに落下。そのままグラベルに滑っていった。現在チャンピオンシップのランキングトップにつけているクアルタラロは、担架でグラベルから運び出され、メディカルセンターに向かった。
セッション終盤、フランコ・モルビデリ（ペトロナス・ヤマハSRT）がトップに浮上。そのままモルビデリがトップでセッションを終えた。2番手にはカル・クラッチロー（LCRホンダ・カストロール）、さらに3番手にはポル・エスパルガロ（レッドブル・KTM・ファクトリーレーシング）がつける。
チャンピオンシップのランキング2番手、ジョアン・ミル（チーム・スズキ・エクスター）は4番手。セッション中盤には4番手タイムをマークしたアレックス・マルケス（レプソル・ホンダ・チーム）は、最終的に5番手。マルケス弟はMotoGPクラスで初めてQ2進出を決めた。
中上は6番手。ホンダ勢は3人がQ2から予選に臨むことが確定した。また、アレイシ・エスパルガロ（アプリリア・レーシング・チーム・グレシーニ）が総合10番手につけた。
ビニャーレスはフリー走行3回目では前日のタイムを更新せず、それでも3回のフリー走行の総合でトップを維持。大きな転倒を喫したクアルタラロはフリー走行2回目のタイムにより、総合3番手で予選Q2へのダイレクト進出を確定した。転倒後メディカルセンターに運ばれたクアルタラロは、腰に痛みはあるものの、骨折などはないことが確認された、とペトロナス・ヤマハSRTが伝えている。
一方、チャンピオンシップのランキング3番手、アンドレア・ドヴィツィオーゾ（ドゥカティ・チーム）は、セッション中盤に16コーナーで転倒。総合13番手となり、予選をQ1から挑む。ドヴィツィオーゾを含むドゥカティ勢は軒並み苦戦を強いられ、すべてのドゥカティライダーが総合11番手以下に沈んだ。
フリー走行4回目では、午前中に転倒を喫したクアルタラロがセッション開始からコースインして走行を実施。6番手でセッションを終えている。トップはモルビデリ。2番手にはマルケス弟がつけた。ミルが3番手、4番手はエスパルガロ弟で、5番手がビニャーレスだった。クアルタラロは足を引きずる様子を見せていたものの、フリー走行4回目のセッションでは時間内いっぱい走行を行った。
