2016年のMoto3クラスはブラッド・ビンダー（KTM）が第2戦アルゼンチンGPでランキングトップに立つと、チャンピオンシップをリード。第4戦スペインGPでは予選後のテクニカルチェックでマシンにECUソフトウエア違反が判明したため、決勝は最後尾グリッドからスタートとなるペナルティを受けたにも関わらず、決勝では先行する全車を交わしてグランプリ初優勝を達成した。
その後、ビンダーは第5戦フランスGP、第6戦イタリアGPと3連勝を飾り、チャンピオンシップを有利に進める。シーズン中盤は勝ち星から遠ざかったものの、第12戦イギリスGP、第13戦サンマリノGPと連勝してタイトル争いに王手をかけると、第14戦アラゴンGPでタイトルを確定。4戦を残してのタイトル確定は、1993年に世界グランプリが現行のポイント制度になってから最短でのタイトル確定となり、最終的にランキング2位に142ポイントの大差をつけた。
ランキング2位にはエネア・バスティアニーニ（ホンダ）が続いた。バスティアニーニは日本GPの1勝に止まり、負傷欠場を含めて3レースでノーポイントに終わったが、2位表彰台1回、3位表彰台4回を獲得。
ホルヘ・ナバーロ（ホンダ）はカタルニアGP、アラゴンGPと2勝を記録したものの、1回の欠場を含む8回のノーポイントが響き、ランキング3位に終わった。フランチェスコ・バニャーヤ（マヒンドラ）もオランダGP、マレーシアGPと2勝をマークしたが、ノーポイントレースも多く、ナバーロに5ポイント差のランキング4位となった。
ルーキーのホアン・ミル（KTM）はオーストリアGPで初優勝を達成。最終戦バレンシアGPを2位表彰台で締めくくり、ランキング5位でルーキー・オブ・ザ・イヤーを獲得。同じくルーキーのファビオ・ディ・ジャンアントニオ（ホンダ）はイタリアGPとオランダGPで2位、チェコGPで3位表彰台を獲得、ミルに10ポイント差のランキング6位となった。
同じくルーキーのニッコロ・ブレーガ（KTM）は第4戦スペインGPではグランプリ初ポールポジションを獲得し、2位入賞を果たした。終盤の日本GPではシーズン2度目の表彰台となる3位に入賞したが、ディ・ジャンアントニオに5ポイント差のランキング7位に終わった。
ランキング8位に ヤコブ・コンフェイル（KTM）、ランキング9位にアンドレア・ロカテッリ（KTM）が続き、ロマーノ・フェナティ（KTM）はアルゼンチンGPで1勝を記録していたが、シーズン中盤のオーストリアGPでチームとの間にトラブルを起こし、シートを喪失、オーストリアGP以降のレースに出場できず、ランキング10位となった。
