開幕戦カタールは例年通りナイトレースとしての開催。テストで好調だったホルヘ・ロレンソ（モビスター・ヤマハ）が初日トップでスタートした。
ロレンソは予選でもポールポジションを獲得。2番手にマルク・マルケス（レプソル・ホンダ）、3番手にマーベリック・ビニャーレス（スズキ）、4番手にアンドレア・イアンノーネ（ドゥカティ）が続き、トップ4を4メーカーのマシンが分け合った。
決勝ではイアンノーネ、ドビジオーゾ、ロレンソ、マルケス、バレンティーノ・ロッシ（モビスター・ヤマハ）の5人によるバトルとなるが、序盤にイアンノーネが転倒しリタイアに終わる。
これで4人のバトルとなり、ドビジオーゾがリードするが、中盤にロレンソがトップに浮上。ドビジオーゾとマルケスが激しいバトルを繰り広げる間に、ロレンソが単独トップに立ち、そのまま開幕戦を制した。
2位にドビジオーゾ、3位にマルケスが入賞。ヤマハ、ドゥカティ、ホンダの3メーカーのマシンが表彰台を分け合い、ロッシは4位でゴールした。
優勝したロレンソのレースタイムは2015年のカタールで優勝したロッシのタイムと比較して約7秒速く、タイヤの変更、ECUソフトウエアの共通化が図られたにも関わらず、マシンが着実に進化していることが証明され、また、予選タイムが拮抗していた点からも、マシン間のパフォーマンス差が縮まっていることが明らかとなった。
なお、開幕戦の時点でヤマハがロッシとの2017年と2018年の2年間の契約更新を発表。また、2017年からMotoGPクラスに参戦するKTMが、ブラッドリー・スミスと2017年と2018年の契約を結んだことを発表するなど、シーズンが開幕したばかりにも関わらず、来季以降に向けた動きが始まっていた。
