ホンダ、ヤマハ、スズキと日本メーカーにとってはホームグランプリとなるツインリンクもてぎが舞台の日本GP。予選でポールポジションを獲得したのはバレンティーノ・ロッシ（モビスター・ヤマハ）。タイトル確定の可能性を持つマルク・マルケス（レプソル・ホンダ）が2番手、ホルヘ・ロレンソ（モビスター・ヤマハ）が3番手と、ランキング上位3名がフロントロウを占めた。
ランキング4位のダニ・ペドロサ（レプソル・ホンダ）は初日のフリー走行2回目で転倒、右鎖骨を骨折したため欠場。急きょ2日目からHRCテストライダーの青山博一が代役を務めることになった。
決勝で好スタートを切ったのはロレンソ。マルケス、ロッシの順で続き、マルケスはロッシと序盤から激しいポジション争いを展開して前に出ると、4周目にはロレンソを交わしてトップに立ち、逃げにかかる。
ロッシはすぐにロレンソを交わして2番手となるとマルケスを追うが、7周目に転倒を喫しリタイアとなる。
これでロレンソが2番手となり、終盤までポジションをキープしていたが、20周目にロレンソまでが転倒しリタイア。そのままトップでチェッカーを受けたマルケスが、今シーズン5勝目を記録。2位にアンドレア・ドビジオーゾ（ドゥカティ）が続き、3位にマーベリック・ビニャーレス（スズキ）が入賞した。
ロッシとロレンソがノーポイントに終わったことから、マルケスとランキング2位のロッシとのポイント差は77ポイントとなり、3戦を残してマルケスのタイトルが確定した。
