10月6日午後3時、日本GP予選が行なわれメルセデスのルイス・ハミルトンがポールポジションを獲得した。
土曜日は朝から小雨が降ったりやんだりのコンディションで、台風の影響で風も強く、メインストレートが向かい風、セクター1が追い風という難しい条件。気温は26度、路面温度は29度でほぼドライ路面でダンプパッチが残る中でのスリックタイヤでの予選となった。
フリー走行3回目の終了直前にクラッシュしたルノーのニコ・ヒュルケンベルグは、なんとかマシン修復が間に合った。エステバン・オコン（フォース・インディア）は赤旗提示時にスローダウンが不充分だったため審議対象となっておりグリッド降格ペナルティの可能性がある。
予選Q1の開始直後から各車がスーパーソフトタイヤでコースインするが、スーパーソフトの持ちタイヤが少ないストフェル・バンドーン（マクラーレン）はソフトタイヤで1回目のアタックへ。
ここでまずトップタイムを記録したのは、フリー走行で好調だったハミルトンで1分28秒702。セバスチャン・ベッテル（フェラーリ）はアタック2周目でヘアピンでスピンする場面もあり0.347秒差の2番手。0.595秒差でバルテリ・ボッタス（メルセデス）、0.778秒差で4番手にマックス・フェルスタッペン（レッドブル）がつけた。
