8月17日（土）、2019年全日本スーパーフォーミュラ選手権第5戦もてぎの予選が行われ、TCS NAKAJIMA RACINGのアレックス・パロウが第4戦富士に続く自身2回目のポールポジションを獲得。タイムも昨年のレコードタイムを更新し、日曜のレースは2連勝に向けて最高のポジションからスタートすることになった。
午前中のフリー走行は快晴のもと、強い日差しの降り注ぐなかで行われたが、この予選開始時には雲が出ており気温38度、路面温度は49度というドライコンディションでセッションがスタートした。
全車がミディアムタイヤを履いて争うQ1では、各車がスタートとともにコースイン。ウォームアップに2周ほど費やしてからアタックが始まると、まずは前戦ウイナーのアレックス・パロウ（TCS NAKAJIMA RACING）が1分33秒733というトップタイムをマークした。2番手には1分34秒036を記録したルーカス・アウアー（B-Max Racing with motopark）、3番手には0.040秒差で牧野任祐（TCS NAKAJIMA RACING）が続く。
1度目のアタックを終えて全車がピットに戻ったが、この段階ではトップのパロウから15番手の関口雄飛（ITOCHU ENEX TEAM IMPUL）までが1秒以内となっていた。
残り時間が7分を迎えようというところで、小林可夢偉（carrozzeria Team KCMG）を先頭に再び各車がコースへ向かう。残り時間3分を切ると2度目のアタックが始まり、ウォームアップ中のマシンにひっかかりつつも福住仁嶺（DOCOMO TEAM DANDELION RACING）が1分33秒733をマークしたが、平川亮（ITOCHU ENEX TEAM IMPUL）が1分33秒217でトップタイムを塗り替えた。後方でもタイム更新が相次ぎ、山本尚貴（DOCOMO TEAM DANDELION RACING）、ニック・キャシディ（VANTELIN TEAM TOM’S）、可夢偉らが上位に浮上した。
その一方でUOMO SUNOCO TEAM LEMANSの大嶋和也やアーテム・マルケロフ、KONDO RACINGの国本雄資と山下健太、牧野任祐（TCS NAKAJIMA RACING）、中嶋一貴（VANTELIN TEAM TOM’S）らがQ1敗退となった。トップからQ2進出圏内の12番手までが0.535秒差、13番手でQ2進出を逃した山下と12番手のドライバーとの差は0.055秒となっており、Q1から非常に拮抗した争いが繰り広げられた。
