5月15日(土)、2021年の全日本スーパーフォーミュラ選手権第3戦公式予選が行われ、ジュリアーノ・アレジ（Kuo VANTELIN TEAM TOM’S）がポールポジションを獲得。スポット参戦ながらチームメイトを上回る速さを見せ、国内最高峰カテゴリーで初めてのポールシッターに輝いた。2番手に宮田莉朋（Kuo VANTELIN TEAM TOM’S）がわずか0.085秒差で並び、3番手には阪口晴南（P.MU/CERUMO･INGING）と、フレッシュな顔ぶれのトップ3となった。
当初は通常のノックアウト予選が予定されていたが、悪天候の影響で40分間の計時方式に変更された今大会の公式予選。雨は朝から降り続き、午前中のフリー走行でも一時ドライバーがマシンを降りてしまうほどのコンディションとなっていた。
雨の影響でスケジュールも遅れ、公式予選は15時15分にスタートするとアナウンスされた。しかし、コースコンディションチェックの結果、さらにスタートが遅れることに。結局コースオープンとなったのは15時35分となった。この頃には雨も小康状態となり、懸念された霧も風が吹き飛ばしてくれたおかげで視界も確保。セッション開始と同時にほとんどのマシンがコースへと向かっていった。
スタートからわずか4分。アウトラップから計測に入っていた大嶋和也（NTT Communications ROOKIE）が100Rコーナー先でコースアウトし、そのままタイヤバリアにヒット。セッションは赤旗中断となってしまう。大嶋の無事はすぐに確認され、車両の回収が行われると15時55分にセッションが再開した。
再開後、速さを見せたのはcarenex TEAM IMPULの2台。関口雄飛（carenex TEAM IMPUL）がセクター2と3で全体ベストタイムを記録し1分38秒651でトップに立つと、セクター1で全体ベストをたたき出した平川亮（carenex TEAM IMPUL）が1分38秒910で2番手に並ぶ。しかし、すぐさま大湯都史樹（TCS NAKAJIMA RACING）が1分38秒719で平川を上回り、IMPULの2台に割って入った。
さらにほかのマシンも続々とペースを上げていく中、中山雄一（KONDO RACING）がスピンを喫しコース上でストップしてしまう。これで2度目の赤旗が提示された。約6分の中断のあと、16時9分にセッションが再開すると、宮田が1分38秒337で関口のタイムを上回りトップタイムを更新。
さらに坪井翔（P.MU/CERUMO・INGING）、阪口のP.MU/CERUMO･INGING勢もタイムを上げてくる中、福住仁嶺福住仁嶺（DOCOMO TEAM DANDELION RACING）がさよりんブリッジを通過した直後の左コーナーでコースアウト。コースサイドのスポンジバリアにヒットしてしまい、これで3度目の赤旗中断となった。
16時26分にセッションは再開するが、直前にまた雨が降り始めコンディションはさらに悪化。タイム更新のチャンスは僅かとばかりに各車がなだれ込んでいくなか、暫定で5番手につけていた阪口がセクター2で全体ベストタイムを記録し、2番手にポジションアップを果たす。そしてその直後、アレジが1分38秒252をマーク。宮田のタイムを0.085秒上回りタイミングモニターのトップに躍り出た。
これを追いかけていたのが大湯で、セクター1で全体ベストを塗り替え、そのタイムに注目が集まっていたが、100Rで水に乗ってしまいコースオフ。タイヤバリアにヒットしてしまった。タイヤバリアにうまくマシンが跳ね返ったことですぐさまコース上に戻ることができたが、左フロントのサスペンションを破損。このアクシデントですぐさま4度目の赤旗中断に。
16時30分に残り時間15分でセッションは再開したが、すでに雨脚が強まりタイム更新は見込めないコンディションに。これで前戦の第2戦鈴鹿でデビューしたばかりのアレジの初ポールポジションが確定した。2番手にはデビュー戦となった2020年の第2戦岡山以来となる自己ベストタイリザルトとなる宮田、3位に阪口が続く結果となった。
以下、関口、坪井、平川とトヨタ／TRDエンジンユーザーが並び、開幕2連戦の雪辱を晴らすかたちとなった。42周で争われる第3戦オートポリスの決勝レースは、5月16日（日）の14時15分スタートの予定だ。
