首位で前半を終えた9号車もニコラス・ラピエールのタイムが伸びず、暫定2番手に後退。暫定3番手の8号車もトラフィックの影響でクリアラップが取れずタイムを伸ばせない。
不運なアクシデントで順位を落とした可夢偉の7号車はセッション終盤、再度アタックを仕掛け1分55秒476をマーク。平均タイムを1分54秒693に縮め、トヨタ最上位の2番手を獲得した。
この結果、ポルシェ1号車の今季初ポールポジションが確定することとなった。なお、ポルシェ2号車は前半を担当したブレンドン・ハートレーがコースオフを喫するなどリズムに乗れず5番手となっている。
LMP2クラスは26号車オレカ07・ギブソンを走らせるGドライブ・レーシングがクラス首位。2～3番手に36号車と35号車のシグナテック・アルピーヌ・マットムート勢が続いた。
LM-GTEクラスはAFコルセの71号車フェラーリ488 GTEがクラスポールを獲得。66号車、67号車のフォードGTが2、3番手となった。
LM-GTEアマクラスは、最終盤にアタックしたアストンマーチン・レーシングの98号車アストンマーチン・バンテージが逆転でクラスポールを獲得している。澤圭太も乗り込むクリアウォーター・レーシングの61号車フェラーリ488 GTEはクラス4番手につけた。
スパ・フランコルシャン6時間の決勝は、現地14時30分（日本時間21時30分）にスタートが切られる。
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