MotoGP第15戦日本GP、MotoGPクラスは、栃木県のツインリンクもてぎで2日目の予選を行ない、ヨハン・ザルコ（ヤマハ）が1分53秒469でポールポジションを獲得した。
MotoGPクラスの3回のフリー走行でトップに立ったのはアンドレア・ドビジオーゾ（ドゥカティ）。総合11番手以下のライダーによって争われるQ1で上位につけたポル・エスパルガロ（KTM）とブラドリー・スミス（KTM）のふたりを加えた12名のライダーによって、気温15度、路面温度17度のウエットコンディションでQ2は争われた。
Q2は雨は上がり、路面はぬれているものの、一部ライン上は乾き始めるという微妙な路面コンディションとなった。セッション序盤をリードしたのはマルク・マルケス（ホンダ）。マルケスは開始4分すぎに1分53秒903を記録してリーダーボードのトップに立つ。
1回目のアタックでは、バレンティーノ・ロッシ（ヤマハ）が前後スリックタイヤでコースインするが、結果的にこの試みは失敗。1回目のアタックでトップに立ったマルケスも、2回目のアタックに前後スリックでコースに出たものの、路面はウエットで、その間に残り2分を切ったところでザルコがマルケスのタイムを越える1分53秒469を記録してトップに浮上。ザルコはオランダGPに続いて、今シーズン2度目のポールポジションを獲得した。
2番手に最後のアタックで1分53秒787を記録し、マルケスを逆転したダニロ・ペトルッチ（ドゥカティ）が浮上。ペトルッチは今シーズン3回目のフロントロウを獲得した。
マルケスは自己ベストを更新できず、序盤に記録した1分53秒903で3番手となったものの、フロントロウを確保した。
4番手に最後のアタックで1分53秒947を記録したアレイシ・エスパルガロ（アプリリア）が続き、今シーズンベストグリッドを獲得。セッション終盤に1分54秒235を記録して3番手につけていたホルヘ・ロレンソ（ドゥカティ）は、最後にペトルッチ、アレイシ・エスパルガロに交わされて5番手となった。
6番手に1分54秒342でダニ・ペドロサ（ホンダ）が続き、Q1からQ2に進出したスミスが1分54秒872で7番手と今シーズンベストグリッドを獲得。チームメイトのポル・エスパルガロも1分54秒906で8番手に続き、KTM勢がそろって上位につけた。
フリー走行総合トップのドビジオーゾは、1分55秒064で9番手。10番手に1分55秒483でアレックス・リンス（スズキ）、11番手に1分55秒617でアンドレア・イアンノーネ（スズキ）とスズキ勢が続き、序盤にスリックでコースに出たロッシは、2回目のアタックでレインに履き替えたものの、1分57秒786で12番手に終わった。
ロッシは予選直前のフリー走行4回目に8コーナーで転倒を喫したが、ダメージはなかったようだ。
代役参戦の青山 博一（ホンダ）は1分57秒157で21番手。ワイルドカード参戦の中須賀克行（ヤマハ）は1分57秒861で23番手、代役参戦の野左根航汰（ヤマハ）はQ1で2ラップ目に止まり、2分01秒730で24番手からMotoGP初レースを迎える。
