2016年のスーパーGT第3戦の公式予選がツインリンクもてぎで行われ、DENSO KOBELCO SARD RC F（ヘイキ・コバライネン）がポールポジションを獲得。タイトル3連覇を狙うランキングトップのMOTUL GT-R（松田次生）は12番手に沈む結果となった。
今回は2レース制ということもあり、各クラス15分一本勝負でグリッドポジションが決められることに。今朝のもてぎは青空が広がったものの、昨日の雨の影響で路面上はウエットの状態。いつもなら残り時間ギリギリまでピットで待機してタイムアタックに臨むが、今回はグリーンシグナルと同時に全車コースイン。ほとんどのマシンがウエットタイヤを装着して、コースの確認とタイムアタックを試みた。
セッション前半でトップタイムを出したのは、EPSON NSX CONCEPT-GTのベルトラン・バケット。雨上がりのちょい濡れ路面を得意とするダンロップタイヤのパフォーマンスを存分に発揮し、1分46秒704をマーク。この時点でライバルに2秒以上の大差をつけるが、フォーラムエンジニアリングADVAN GT-Rの佐々木大樹が1分46秒441を記録し逆転。その後、路面が乾き始めるにつれて、3番手以下も順位が目まぐるしく変わる混戦となった。
残り5分になるとドライタイヤを試すチームもあったが、コンパウンド違いかピットでニュータイヤのウエットに装着し直すチームが多くなり、この中でDENSO KOBELCO SARD RC Fのヘイキ・コバライネンが速さを見せた。
コバライネンは特に前半セクターを中心にベストタイムを更新。1分46秒530で3番手につけると、次のラップはきっちりと1周をまとめ上げ1分45秒885を叩き出しトップに浮上。これに佐々木が1分45秒950を出し最後までアタックを続けたが、トップに躍り出ることはできずチェッカーフラッグ。コバライネン／平手組のDENSO RC Fが今季初のポールポジションを獲得した。
2番手にはフォーラムエンジニアリングGT-R、3番手にはau TOM’S RC F（ニック・キャシディ）が続いた。また難しいコンディションにホンダ勢も上位に食い込み、RAYBRIG NSX CONCEPT-GT（山本尚貴）が4番手、EPSON NSX CONCEPT-GTも5番手につけた。
一方、ランキング上位陣はウエイトハンデの影響、またはタイヤ選択の違いがあったか後方に沈み、タイトル3連覇を狙うランキングトップのMOTUL GT-R（松田次生）は12番手、ランキング2位のWAKO’S 4CR RC F（大嶋和也）は10番手、ランキング3位のZENT CERUMO RC F（立川祐路）は14番手に終わった。
想定外のウエットコンディションになった第3戦の予選。午後の決勝では路面はドライになる方向で、午前の予選とは勢力図が一変する可能性も。まったく予想がつかない第3戦の決勝はこの後、13時10分から53周で行われる。
