ニンジャ400は軽量トリスフレームに新設計の高出力エンジンを搭載。398cc水冷4ストローク並列2気筒 DOHC 4バルブのエンジンは最高出力35kW(48PS)/10,000rpm、最大トルク38N・m(3.9kgf・m)/8,000rpmを発揮する。車両重量は167kgで、ニンジャ250に比べわずか1kg重量が増えるのみにとどまった。
フロントフォークはニンジャ250と同様に直径41mm、タイヤはラジアルを履く。カラーバリエーションはメタリックスパークブラック、キャンディバーントオレンジ×メタリックマグネティックグレーの2色。ニンジャ250同様に、SBK参戦マシンZX-10RRをイメージしたカラーリングのニンジャ400KRTエディションがラインアップ。
メーカー希望小売価格は、メタリックスパークブラックが69万9840円（税込み）、キャンディバーントオレンジ×メタリックマグネティックグレーが71万6040円（税込み）、ニンジャ400KRTエディションが71万640円（税込み）となっている。
なお、車名に表記はないが、ニンジャ250、ニンジャ250KRTエディション、ニンジャ400、ニンジャ400KRTエディションともにABSを装着している。
