スーパー耐久第3戦の予選が6月5日、鈴鹿サーキットで行われ、PETRONAS SYNTIUM BMW Z4M COUPEの1号車（谷口信輝／柳田真孝 組）が合計タイム4分24秒428でポールポジションを獲得した。クラス2のポールは#3 ENDLESS ADVAN CS・X（峰尾恭輔／山田英二 組）、クラス3では#14 協新計測マイロード岡部自動車RX−7（杉林健一／小松一臣 組）、クラス4は#62 HONDA CARS東京μSSR DC5（塩谷烈州／デパマン石渡 組）がそれぞれ獲得している。

　今季はワンデイイベントを基本としているスーパー耐久だが、このラウンドでは土曜日に予選を行う従来のスタイルでの開催。心配されていた雨もやみ、コースは予選が行われる頃にはドライコンディションへと好転した。
　Aドライバー予選でトップとなったのは#10 Y.K.M.ADVAN Z（横溝直輝／佐藤公哉 組）の横溝。2分12秒420で2番手となった谷口を0.1秒ほど上回るタイムを記録。クラス2では峰尾が2分17秒030 で2番手以下を1秒以上引き離しての暫定トップタイムとなった。クラス3の#14杉林、クラス4の#62塩谷も立ち上がりから好調でセッションはBドライバー予選へと進む。

　Bドライバー予選でも#14小松、#62デパマン石渡は引き続き好調。クラストップタイムをマークしてクラス3、クラス4のポールポジションを獲得した。
　クラス1では#1柳田が最速の2分11秒912がマーク、対して#10佐藤は0.8秒遅れの2分12秒753で#1に逆転を許し、#1のZ4がポールとなった。#1と同チームの#28片岡龍也／吉田広樹 組は両セッションともトップから1〜2秒遅れるタイムで総合4番手という結果に終わっている。
　クラス2では#11 TSRPランサーEVOX（佐々木孝太／菊地靖 組）の菊地が2分16秒535と2番手の#3山田を1秒引き離す好タイムをマークしてセッショントップとなったが、Aドライバー予選で赤旗のためアタック中断となった佐々木のタイムとの合計では、#3が0.02秒ほど速く2番手という結果となった。