走行が再開されたのは16時ごろ。16時34分にマルケスが1分59秒730を記録してトップに浮上。17時12分にはヨハン・ザルコ（ヤマハ）が1分59秒702、17時22分にはカル・クラッチロー（ホンダ）が1分59秒443を記録してトップに立つ。

　しかし、残り約15分となった17時44分に今度はロッシが1分59秒390を記録。初日にダニ・ペドロサ（ホンダ）が記録したタイムを上回る。

　ところがその4分後、ビニャーレスが1分59秒355とわずかにロッシのタイムを上回り、2日目をトップで終えた。

　ビニャーレスは2日目もトータル周回数トップとなる68周を周回。順調に調整が進んでいることをうかがわせた。ロッシはトータル39周を回り、0.035秒差の2番手。2日目はヤマハファクトリー勢がワン・ツーとなった。

　3番手に65周を回り、56周目に1分59秒443を記録したクラッチローが続き、ホルヘ・ロレンソ（ドゥカティ）が44周を回り残り30分となった37周目に1分59秒498を記録して4番手。ミラーは44周を回り、43周目にベストとなる1分59秒509を記録して5番手。

　6番手に48周を回り、1分59秒702でザルコが続き、マルケスは2日目最多周回タイとなる68周を回り、1分59秒730で7番手となった。

　ドビジオーゾは32周を回り、1分59秒732で8番手。9番手に1分59秒747でダニロ・ペトルッチ（ドゥカティ）、10番手に1分59秒917でアンドレア・イアンノーネ（スズキ）が続いた。

　初日トップのダニ・ペドロサ（ホンダ）は1分59秒999で12番手。中上貴晶（ホンダ）はトータル51周を回り、計測19周目の12時49分すぎに記録した2分00秒952がベストと、初日の自己ベストを更新できず21番手で2日目を終えた。

　また、ロッシ、ビニャーレスがテスト2日目に最終戦バレンシアGP後のオフィシャルテストで登場した空力カウルを装着したマシンをテスト。マルケス、ペドロサもセパンオフィシャルテスト前に登場したホンダの新型空力カウルを装着したマシンで走り、数周感触を確かめる場面も見られた。

　以下、セパンオフィシャルテスト2日目のタイム結果。