フリー走行4回目から10分後にスタートした予選Q1は、気温16度、路面温度17度のドライコンディションのもと、行われた。
まず開始5分でトップに立ったのはロレンソだった。しかしセッション中盤、カル・クラッチロー（LCRホンダ・カストロール）がロレンソのタイムをわずか0.002秒上回ってトップに浮上する。
残り8分を切って、クラッチローのトップは変わらず、ロレンソ、フランセスコ・バニャイア（アルマ・プラマック・レーシング）が続く。中上貴晶（LCRホンダ・イデミツ）はこの時点で、トップから約0.5秒差の5番手につけていた。
残り時間5分を切って、各ライダーがセカンドアタックに入る。ここで2番手に付けていたロレンソが2コーナーでスリップダウン。2コーナー旋回中にフロントタイヤを切れ込ませ、この日2度目の転倒を喫した。ロレンソは走行を再開することなく、ここで予選を終える。ロレンソは自力で立ち上がり、ピットに向かった様子から、大きな怪我はなかったとみられる。
そのロレンソのタイムを、中上が終盤のアタックで見事に更新。1分54秒431をマークし、2番手に浮上すると、このままポジションをキープ。中上、そして序盤に記録したトップタイムを守ったクラッチローという、LCRホンダのふたりがQ2進出を決めた。
このセッションでは転倒が相次ぎ、ロレンソ以外にティト・ラバット（レアーレ・アビンティア・レーシング）、ヨハン・ザルコ（レッドブル・KTM・ファクトリーレーシング）が2コーナーで転倒している。
最終的にロレンソは15番手、また、やはりQ1から予選に臨んだバレンティーノ・ロッシ（モンスターエナジー・ヤマハMotoGP）は、開幕戦カタールGPを14番グリッドから迎えることとなった。
続いて始まった予選Q2。序盤のアタックでビニャーレスが1分53秒844のタイムを叩き出してトップに浮上する。ファビオ・クアルタラロ（ペトロナス・ヤマハSRT）、アンドレア・ドヴィツィオーゾ（ミッション・ウィノウ・ドゥカティ）、マルケスなどがタイムを更新するも、ビニャーレスのタイムに届かない。
さらに中上がタイムを更新。やはりビニャーレスのタイムには及ばなかったが、2番手に浮上する。
セッション中盤、ビニャーレスのトップは変わらず、2番手に中上、3番手にクラルタラロ、4番手にドヴィツィオーゾ、そしてマルケスは5番手で続く。
残り時間5分となるころ、セカンドアタックがスタート。トップをキープし続けるビニャーレスが、再びトップタイムを更新する。追随するようにジャック・ミラー（アルマ・プラマック・レーシング）、ドヴィツィオーゾもタイムを縮めるも、ビニャーレスのタイムに届かない。
最終盤、マルケスがタイムアタック。しかしビニャーレスに約0.2秒及ばず、マルケスは3番手となった。ビニャーレスは序盤からトップを譲ることなく、2019年シーズン開幕戦のポールポジションを獲得した。
2番手にはドヴィツィオーゾ、3番手には最後にジャンプアップしたマルケスで、ヤマハ、ドゥカティ、ホンダの3メーカーがフロントロウに並んだ。一時は2番手タイムにつけた中上は9番グリッドを獲得し、決勝レースを3列目から迎える。
ルーキー勢トップのグリッドを獲得したのはクアルタラロで、MotoGPクラスのデビューレースにして2列目5番グリッドを手にした。
2019年シーズン最初のレース、開幕戦カタールGP決勝は、日本時間3月11日の午前2時からスタートする。
