こうした中、3番手を走行中のザルコにロングラップ・ペナルティが科される。ザルコは中盤、エスパルガロ弟と接触し、エスパルガロ弟が転倒リタイアとなっていた。ザルコは15周目にペナルティを消化したが、4番手のクアルタラロの前でレースに復帰。ポジションを落とすことなく戦線に戻ることに成功した。
残り5周、トップ争いは、ビンダーがトップに経ってから2番手のモルビデリとの差を広げ、すでに約2秒の差を築いていた。モルビデリの約2秒後方には、3番手にザルコが続いている。トップ3はそれぞれ単独走行となっていた。
その後方で接戦を繰り広げていたのは4番手争いだった。4番手のクアルタラロはポジションを守り切れず、アレックス・リンス（チーム・スズキ・エクスター）、そしてロッシ、さらにはミゲール・オリベイラ（レッドブルKTMテック3）に相次いで交わされる。終盤、クアルタラロは7番手まで後退した。
ビンダーはその後も危なげのない走りを見せ、ついに21周のレースの最後をトップでチェッカーを受けた。MotoGPクラスのルーキーであるビンダーにとって、クラス初優勝であることはもちろんのこと、2017年からMotoGPクラスに挑戦を開始したKTMに初の優勝をもたらす快挙となった。またルーキーの最高峰クラス優勝は、2013年のマルク・マルケス以来となる。
2位フィニッシュを果たしたのはモルビデリで、こちらもMotoGPクラスとしては自身初表彰台。序盤のペースを最後までキープできなかったものの、見事にポディウム登壇を果たした。
終盤、ザルコとリンスによって3位争いが展開されたが、リンスはわずかに届かず、ザルコが3位を獲得。KTMからドゥカティのインディペンデントチーム、エスポンソラーマ・レーシングに移籍した今季、ドゥカティを駆っての初表彰台で、ドゥカティ勢が苦戦するなかポディウム登壇を果たすパフォーマンスを見せた。
チャンピオンシップのポイントリーダー、クアルタラロは後退を強いられ、7位フィニッシュ。ポイントランキング2番手のビニャーレスはまさかの14位フィニッシュという結果に終わった。中上貴晶（LCRホンダ・イデミツ）は10番手付近をキープしていたが、堅実な走りで8位でフィニッシュを果たしている。KTMという新興勢力が奮ったチェコGP決勝レースだが、ホンダ勢としては中上のこの8位が最上位で、厳しい週末となった。
