日本GPの予選は天候に翻弄された。午前中のセッションからウエットコンディションとなり、Moto2クラスの予選Q2中に雷雨により赤旗中断。降り続く激しい雨によってMotoGPクラスのフリー走行3回目はなくなり、天候とコンディションの回復を待って、当初のスケジュールから約1時間遅れて予選がスタートした。
コンディションは当然、フルウエット。中上貴晶（LCRホンダ・イデミツ）を始め、濡れた路面に足元をすくわれるライダーがいる中で、マルケスはQ2中盤にトップタイムを記録すると、さらに終盤には1分55秒214をたたき出して、ポールポジションを獲得したのだった。これはマルケスにとって今季初であるだけではなく、3年ぶりのポールポジションでもあった。マルケスがこれ以前、最後にポールポジションを獲得したのは、奇しくも2019年の日本GP。そしてまた、ホンダにとっても今季初のポールポジションでもあった。
