一方、第2スティントに入ってからホンダ勢のペースが伸び悩み始める。序盤トップを快走していたドラゴNSX CONCEPT-GT（ターベイ）は6番手まで後退。第1スティントでは7番手まで浮上してきていたRAYBRIG NSX CONCEPT-GT（伊沢拓也）もペースを上げられずに10番手までポジションを落としてしまっている。
トップの石浦は順調なペースで後続を引き離し、4秒前後の差をキープしていたが、2回目のピットストップを直前に突然雨が降り出し一時はペースダウンを余儀なくされたが、コースオフすることなく走りきり58周を終えて2回目のピットイン。立川が再びマシンに乗り込んだ。
全車が2回目のピットストップを終えた60周目にアクシデントが発生。3番手につけていたカルソニックGT-Rが2回目のピットインを済ませたアウトラップで右フロントタイヤ後方で出火があり、右ドアが外れかかる。S字を過ぎてオリベイラはすぐにマシンを降り無事だったが、2番手を走行していたカルソニックGT-Rはレースからの脱落を余儀なくされた。
これにより、トップはZENT RC F、2番手にS Road GT-Rが17秒差で追いかけており、3番手にau TOM’S RC Fが18秒差で続いている。
