予選Q2は12時55分からスタート。このとき、ホームストレートの路面温度は52度まで上昇していたようだ。

　Q2で真っ先にコースインしていったのは高橋。まずは1分49秒118でトップに立つ。その後、水野が1分48秒台に入れる1分48秒827をマークしてトップタイムを塗り替える。

　しかし、高橋もすぐに水野のタイムを更新。1分48秒765で再びトップに立った。トップに立った高橋は一度ピットへと戻ったあと、再びアタック。1分48秒693をマークし、自身のトップタイムを塗り替えた。

　残り13分を切ったところで岩戸亮介がV字コーナーで転倒。再スタートを切ってピットへと戻っていく。中須賀はリヤにニュータイヤを履いてアタックを行うが、高橋のタイムを上回れず1分48秒785で2番手。水野は3番手でQ2の折り返しを迎える。

　残り5分になると各車最後のアタックへ。この時、トップタイムを記録した高橋はピットで待機し、アタックを行わなかった。残り3分となったところで前田恵助が90度コーナーで転倒。再スタートは切れずに予選を終えた。

　野左根、中須賀のヤマハファクトリー勢と水野が残り2分でラストアタック。しかし、高橋のタイムに届かず。高橋が5レース連続でポールポジションを獲得した。2番手は中須賀、3番手は水野が入り、JSB1000で初めて最前列に並んだ。

　全日本ロードレース第5戦もてぎのJSB1000クラス予選結果は以下の通り。