2016年シーズンのMotoGPクラスは、タイヤがミシュランのワンメイクとなり、ECUのソフトウエアが共通となった。ミシュランは2008年以来となるMotoGPクラスへのタイヤ供給、タイヤ内径も17インチに変更（2015年までは16.5インチ）となり、2015年から各ファクトリーのテストライダーを主体にタイヤ開発を続けてきた。ECUのソフトウエアが共通となったことで、2015年までのオープン、ファクトリーオプションの区分けはなくなった。
前年、タイトル連覇を逃したマルク・マルケス（ホンダ）だが、2016年は通算5勝と年間勝利数こそ前年と同じだったが、トータル12回表彰台に立ち、勝てるレースでは勝ち、そうでないレースでは確実にポイントを獲得するクレバーな戦い方で、MotoGPクラス通算3回目となるタイトルを獲得した。
ランキング2位にはバレンティーノ・ロッシ（ヤマハ）が続いた。ロッシはシーズン2勝を記録したが、4回のノーポイントレースが響いた。チームメイトのホルヘ・ロレンソがランキング3位に続いた。ロレンソは開幕戦カタールで勝ち、好スタートを切ってマルケスとチャンピオン争いを展開したが、中盤のチェコGPではロッシにランキング2位を逆転されて後退してしまった。ヤマハ勢は共通ECUソフトの合わせ込みに苦戦を強いられたが、ロッシのランキング2位、ロレンソのランキング3位で、チームタイトルを獲得し、ホンダの3冠を阻止した。
2016年は各メーカーのマシンへのミシュランタイヤへのマッチング、共通ECUソフトへの適応などによるマシンパフォーマンスの接近したシーズンとなった上に、天候不良によって荒れた展開となった決勝レースも多く、マルケスが5勝、ロレンソが4勝、ロッシが2勝、マーベリック・ビニャーレス（スズキ）、アンドレア・ドヴィツィオーゾ（ドゥカティ）、ダニ・ペドロサ（ホンダ）、カル・クラッチロー（ホンダ）、アンドレア・イアンノーネ（ドゥカティ）、ジャック・ミラー（ホンダ）が1勝ずつと、18戦で9人のウイナーが誕生する混戦となった。
