続く2015年はマルケスにとって厳しいシーズンとなった。6回のノーポイントレースでタイトル争いから脱落し、ランキング3位と初めてMotoGPのタイトルを失った。それ以上にアルゼンチンGP、オランダGP、そして、マレーシアGPで起こったバレンティーノ・ロッシとの接触を巡る確執もあり、マルケスにとっては試練のシーズンとなった。

　しかし、2016年、マルケスはタイトル奪還を決意すると、勝てるレースは勝ちに行き、そうではないレースでは確実にポイントを取りに行くスタイルを取り、その戦略は見事に成功。優勝5回、2位4回は前年と同数ながら、3位2回、タイトルを確定した日本GPまでの全戦でポイントを獲得してMotoGPクラス通算3回目となる王座を獲得した。

「去年はタイトルを逃して、大きな代償を払った。多くのことを学んだけど、シーズンを通じて難しかった。今年もシーズンの始まりは僕のキャリアで最も困難だったと思う。しかし、2勝した後ポイントリーダーになり、2位、または3位でフィニッシュすることが許された。難しい年だったが、最高の年になったと思う」とマルケス。