29周目、4位走行中のルーキー山下のリヤカウルがバタついているのが映像でクローズアップされる中、山下に別のトラブルが発生。山下は100Rを過ぎたところで挙動を乱し、山本尚貴同様、左リヤタイヤがバーストする姿が映し出される。
山下はそのままピットへ戻りタイヤを交換してコースに復帰したが、最終的には47周目にマシンをガレージに入れリタイアとなってしまった。
左リヤタイヤのバーストというトラブルが立て続けに起こり、他のドライバーにも同様のトラブルが起きてしまうのか不安が広がる中、新たなトラブルが発生し、これが今回のレース展開を大きく変えてしまう。
31周終了時、トップを走る国本雄資が動く。タイヤ4本交換と給油作業を行い難なくコースへ復帰したと思われたが、アウトラップのレクサスコーナー付近でまさかのスロー走行、そのまま緊急ピットインとなってしまう。
国本がピットに止まると、メカニックが右フロントタイヤを外し、サスペンション周辺の確認作業を行う。修復か修正の作業を行った後、再びコースへと戻ったが挙動は戻らず再度ピットイン。自身初のポール・トゥ・ウインはマシントラブルによって儚く消えてしまった。
国本のトラブルにより主役の座は2番手を走行していたチームメイトの石浦へ。この時点でピットに入っていないのは石浦の他、14番手スタートの小林可夢偉（KCMG）、10番手スタートのフェリックス・ローゼンクビスト（SUNOCO TEAM LEMANS）、16番手スタートのナレイン・カーティケヤン（TCS NAKAJIMA RACING）の4台。
まず動いたのはこの時点で2番手を走行していたローゼンクビストで36周完了時にピットイン。リヤタイヤ2輪交換と給油を行い、3番手の位置へと戻った。
