トヨタ勢とホンダ勢がそれぞれ6台ずつ進出したQ2。7分間のこのセッションも、全車がウエットタイヤを装着してコースへ出て行った。石浦宏明（JMS P.MU／CERUMO・INGING）が1分37秒924でトップに立つと、チームメイトの坪井翔が1分39秒291で2番手につける。その直後には山本尚貴（DOCOMO TEAM DANDELION RACING）が1分39秒136で石浦と坪井の間に割って入ったが、1分38秒587をマークしたパロウが山本を上回る。
セッション終了間際に坪井が2番手に浮上すると、最後のアタックを終えた関口雄飛（ITOCHU ENEX TEAM IMPUL）が1分37秒791とトップタイムを塗り替えた。さらに野尻智紀（TEAM MUGEN）、ニック・キャシディ（VANTELIN TEAM TOM’S）、大嶋和也（UOMO SUNOCO TEAM LEMANS）なども最後のアタックでタイムを更新。その結果、なんと前戦ウイナーの山本がここで姿を消すことに。中嶋、塚越、福住もここで敗退となり、トップタイムは石浦がマークした。
ポールポジションを決める最後の予選Q3も、小雨が降り続くなかでスタート。ただホームストレートを通過するマシンの巻き上げる水煙が大きくなっており、徐々に雨量も増えているようだった。
まずは坪井が最初のアタックで1分39秒252をマークし、関口が1分39秒311で2番手につけた。残り時間2分を切ったところでホームストレートでは牧野任祐（TCS NAKAJIMA RACING）がスローダウンしていたが、その間にもアタックは続き、僚友のパロウが1分39秒167を記録してトップに立った。
その後チェッカーを迎えてもパロウのタイムを上回るドライバーは現れず、スーパーフォーミュラ4戦目でパロウが初めてのポールポジションを獲得した。2番手には坪井が続き、ルーキーがフロントロウに並ぶ結果に。関口が3番手につけ、4番手以下は野尻、キャシディ、石浦、大嶋、牧野となっている。
