2回目のアタックが始まると、残り2分でビニャーレスがファステストを更新、アタックを続行したビニャーレスは終了30秒前に1分31秒994を記録して、開幕戦カタール以来となる今シーズン2回目のポールポジションを獲得した。
残り2分で2番手に浮上したバレンティーノ・ロッシ（ヤマハ）が最後のアタックで自己ベストとなる1分32秒100を記録して2番手に続き、Q1からQ2に進出したザルコが1分32秒229で3番手と、MotoGPクラス初フロントロウを獲得。ヤマハ勢がフロントロウを独占した。
クラッチローは1分32秒300で4番手。マルク・マルケス（ホンダ）が1分32秒493で5番手に続いたが、マルケスはQ2のセッション序盤に3コーナーで転倒。すぐにマシンを起こしてピットに戻ったが、マルケスはフリー走行4回目でも同じ3コーナーで転倒を喫している。
Q1トップでQ2に進出したドビジオーゾが1分32秒726で6番手に続き、フリー走行総合トップのレディングは1分33秒119で7番手。レディングは終盤のアタック中に12コーナーで転倒を喫した。ポル・エスパルガロが1分33秒399で8番手と、KTMのベストグリッドを獲得。9番手に1分33秒517でカレル・アブラハム（ドゥカティ）が続き、10番手に1分33秒629でブラドリー・スミス（KTM）が続き、KTM勢がトップ10で予選を終えた。
ジャック・ミラー（ホンダ）は終盤のアタック中に最終コーナーで転倒を喫し、1分33秒756で11番手。ミラーはフリー走行4回目に、2コーナーで転倒、マシンがイン側のクラッシュパッドに激突し、フロント回りが大破する激しい転倒だったが、ミラー自身は大きなダメージを免れた。
ロリス・バズ（ドゥカティ）が1分33秒955で12番手に続き、ここまでがQ2の順位でのグリッドとなる。
ペドロサはQ1で3番手となりQ2進出を逃し、Q1で記録した1分32秒415で13番手。ロレンソはQ1で1分32秒830で6番手とふるわず、得意のはずのル・マンで16番グリッドから決勝に臨む。
17番手に1分32秒844でアンドレア・イアンノーネ（スズキ）が続き、アレックス・リンス（スズキ）の代役として参戦するシルバン・ギュントーリ（スズキ）は1分34秒082で23番手からレースに臨む。
