再開後、さらに雨脚は弱まりタイムも向上。そのなかでカルソニックIMPUL GT-Rと埼玉トヨペットGreenBraveマークX MCが接触したり、残り1分強というところで、ヘアピン進入のところで井出有治がドライブしていたEIcars BENTLEY GT3がストップするシーンもあったものの、セッションはそのまま進行した。

　コース上の水量が減った終盤続々とタイムを上げてきたのはホンダNSX-GT勢で、なかでも塚越広大駆るKEIHIN NSX-GTがチェッカー間際にタイムを上げ、1分57秒320でこのセッションの最速となった。2番手にはRAYBRIG NSX-GTが続き、ホンダNSX-GT勢がワン・ツー。3番手にはチェッカー間際にタイムアップしたDENSO KOBELCO SARD LC500が入ったが、ARTA NSX-GT、Epson Modulo NSX-GTと続き、NSX-GT勢の4台がトップ5に食い込んだ。

　第6戦鈴鹿1000kmに参戦を予定している注目の第3ドライバー、MOTUL MUGEN NSX-GTのジェンソン・バトンとWedsSport ADVAN LC500の小林可夢偉だが、このセッションでは終盤に可夢偉が乗車。コースアウトするシーンもあったものの、無事にマシンをピットに戻している。

　GT300クラスは、序盤から積極的に走行したLEON CVSTOS AMGが最速に。Hitotsuyama Audi R8 LMSが2番手、JMS P.MU LMcorsa RC F GT3が3番手に続いた。