レース折り返しの55周目を過ぎた61周目、2番手を走っていたSUBARU BRZのボンネットから突如、白煙が。ドライブしていた山内英輝はダンロップコーナー立ち上がりのシケインで冷静にマシンをランオフエリアに止めた。
マシンを離れた山内は一度天を仰ぐと、ガードレールを叩きつけて悔しさを爆発。その後も出動してきたFRO車両にはすぐに乗り込まず、コース脇からマシンを見つめて無念さをにじませた。
このアクシデントでクラス2番手に31号車プリウスが浮上。3番手に初音ミクAMGが続くオーダーとなっている。
その後もトップを走るARTA BMWにはハプニングなどはなく、GT500が80周目に入ろうかというタイミングで2度目のピットイン。ふたたび高木がステアリングを握って実質上トップのままコースへ復帰した。
この時点で暫定トップにつけた初音ミクAMGは、レースが残り20周となったタイミングで最後のピットへ。メカニックがタイヤをチェックした後、富士では負荷がかかる左側のタイヤ2本を交換してコースへ復帰した。
表彰台圏内の3番手でコースに戻った初音ミクAMGだったが、すぐ後方にGAINER TANAX GT-Rが迫ると、冷えている左タイヤに負荷のかかるトヨペット100Rでわずかに失速。アウト側からGAINER TANAX GT-Rにオーバーテイクを許して、4番手にポジションを落としている。
トップを走るARTA BMWは結局、ピット以外ではポジションを譲ることなく富士を完全制圧してチェッカー。2017年第5戦富士に続いて、富士スピードウェイで2戦連続のポールトゥウィンを達成した。
また、高木はこれでGT300通算19勝目。同率タイだった新田守男を抜いて、単独最多優勝記録を打ち立てている。
その高木は「新田さんがさっきおめでとうと言ってくれました。うれしかったです（笑）。ただ、クルージングと言うほど余裕はありませんでした」とレースをふり返っている。
2018年のスーパーGT第3戦は5月19～20日に鈴鹿サーキットで開催。昨年までとは異なり、通常レースと同じ300kmで争われる。
