同じくGT300のQ2セッションを経て15時49分に幕を開けたQ2は、だんだんと日没が近づき厚い雲のもとで暗さが増していくなか、トラック上にも依然として水量が残っている状況ながら、Q1よりは改善の兆しが見えた。
ここでもやはりダンロップの64号車Moduloが先行し、伊沢は自身計測2周で1分49秒994と、この時点でQ1の大草とほぼ同タイムを刻んでいく。さらにここからはホンダ／HRCの新型シビック・タイプR-GTがトップタイムを奪い合う展開となり、続く計測3周目には100号車STANLEYの山本尚貴が1分49秒932で一時Q2首位に立ち、続くラップでは16号車ARTAの大津弘樹も1分49秒218でタイムを更新していく。
しかし主役の座は譲らないとばかりに、一旦はクールダウンラップを入れていた64号車伊沢は4周目にふたたびアタック。各セクターベストの走りで1分48秒656とタイムをまとめ、この時点で合算タイム首位を固めることに。
最終のアタックラップとなった計測5周目では、同じくホンダ陣営内の8号車ARTA、松下信治が1分48秒077という脅威のセッショントップタイムを叩き出し、これで合算でもフロントロウ2番手を獲得。
ライバルとの間合いを図るべくバックオフを繰り返していたポイントリーダーの36号車au山下健太も、ここで1分48秒178と狙い澄ました2番手タイムでQ2を終え、合算でセカンドロウの3番手をもぎ取り、その隣4番手には石浦宏明の38号車KeePer CERUMOが並ぶことに。
陣営内で1分49秒台の攻防を繰り広げたニッサン／NMC陣営は、最上位が10番手の12号車MARELLIとなり、3号車Niterraは11番手、同23号車MOTUL AUTECHは13番手からの巻き返しを誓うグリッドとなった。
