GT500クラスのQ1でクラッシュが起きたため、ポールポジションを決めるQ2は15時27分からスタート。セッション開始から間もなくコース上では雨が確認されるようになったが、各車ドライタイヤで走行し、Q1をはるかに上回るタイムを記録した。
セッション序盤、GAINER AMGが1分18秒527でトップに立ち、Hitotsuyama R8、マネパ ランボルギーニとFIA-GT3勢が上位を占めたが、残り4分で勢力図が一転。VivaC 86の松井孝允が1分18秒160と大きくタイムを塗り替えてトップを奪取。続いてコントロールラインを通過した31号車プリウスの嵯峨宏紀が1分17秒995で逆転する。
しかし、連続アタックを仕掛けた松井が1分17秒499でさらに上回ると、続くアタックでも1分17秒493とタイムを縮め、GT300初のポールポジションを奪いとった。
また2番手を獲得した31号車プリウスを含め、2台がレコードを塗り替える1分17秒台をマーク。3番手には公式練習のクラッシュから復活を遂げたBRZが入り、マザーシャシーとJAF-GT勢がトップ3を独占している。FIA-GT3勢最上位は5番手につけたGAINER AMGとなっている。
