26周目には3番手を走行中だった19号車WedsSportが早めのピットへと向かい、坪井のままドライバー交代せずに41．8秒の静止時間でピットアウト。その頃、同じヨコハマタイヤを履く24号車リアライズは、セクター3で1号車RAYBRIG、39号車DENSO KOBELCO SARD LC500、37号車KeePer TOM’S LC500と立て続けに3台にかわされ、グリップダウンに苦しみ10番手へと後退。続く29周目にはファーストスティントの敢闘賞、64号車Modulo牧野がピットへと向かい、44．4秒の静止時間でナレイン・カーティケヤンへとバトンタッチ。
ルーティンのピットウインドウとなる35周目が近づくと、32周目に38号車ZENTがピットへと向かい、43.5秒でピットアウト。8号車ARTA NSX-GT、24号車リアライズGT-Rらも続々とピットへと向かっていく。そして35周目で首位MOTUL GT-Rがドライバー交代へと向かい、19号車WedsSportの背後で松田次生がコースイン。39周目に全車のルーティンが終わったところで、アンダーカットに成功した19号車WedsSportが首位浮上、3番手にも早々のピット作業を済ませている16号車MOTUL NSX-GTが続きヨコハマタイヤ勢が1-3の体制となるも、16号車、ドライバー交代を行っていない19号車ともに4回義務の回数より多いピット回数が確定的となる。
その予測より早く、42周目には4番手ZENTの石浦宏明、5番手CRAFTSPORTの平手晃平が相次いで16号車をパッシング。さらに平手は石浦も抜き去り、23号車松田次生の後方までカムバックする。そして48周目には直接のライバルとはならない19号車をかわしたMOTUL GT-Rがトップランを奪還し、自らのラップペースを維持してさらにギャップを広げる態勢を整えた。
その19号車は56周目にピットへと向かい、国本雄資にドライバー交代して初の義務ピット消化となると、定評ある作業時間の速さで42．6秒の滞留でマシンを送り出す。これで見た目上も23号車MOTUL GT-R、3号車のCRAFTSPORTSのGT-Rがワン・ツーに返り咲き、ZENT、auのLC500、そして奮闘の6号車WAKO’S大嶋和也のトップ5が形成される。
30周時点で気温33度、路面温度44度だったトラック上は、60周を過ぎても34度、43度とほぼ横ばい。15時30分を前にわずかに陽が傾き始めた62周目、ダンロップコーナーのブレーキングでオーバーシュートした23号車は、切り返しで大きく失速。その隙を突き、着々とギャップを詰めてきていた3号車CRAFTSPORTS平手に先行を許すことになり、次生はまさかの2番手に後退。ルーティンまで数周を残したところで厳しい状況に陥ってしまう。
すると3番手のZENTが先に動き、70周目にピットへ。50.8秒で＂富士マイスター＂立川祐路に再びバトンをわたすと、そのアウトラップで悲劇が起こる。
100Rを旋回中だったZENTはまったく曲がるそぶりを見せず、速度を落とさないままコースアウト。広いランオフエリアを突っ切り、バリアに正面からクラッシュしてしまったのだ。立川はすぐさまFROに連れ添われ無事にマシンから降り歩いて退避したものの、100Rでの右フロント・ホイールナット脱落というアクシデントで戦列を去ることになってしまう。
これでセーフティカー（SC）導入の可能性を危惧したライバル勢は予定を早めて軒並みピットイン。遅れた74周目にSCがコールされ、レースは一時中断となる。
76ラップ終了時点でホームストレート上でのリグループが行われると、79周目終わりでレースはリスタート。この時点で首位だったKeePer TOM’S LC500、2番手KEIHIN NSX-GTはルーティンが迫っており17号車はそのままピットへ。すると2番手以下の攻防が激化。
1コーナーではMOTUL GT-Rが19号車をかわすと、ダンロップコーナーまでに先頭のKeePerを捕まえ先頭へ。その背後、MOTUL GT-Rを追っていたCRAFTSPORTのマコヴィッキが19号車にヒットされスピンオフ。隊列最後尾にまで下がってしまう。
すると続く81周目には同じダンロップコーナーで今度はDENSOのヘイキ・コバライネンがブレーキングで行き場を失い19号車に追突。コースを外れてポジションを落とすと、右フロントカウルを破損したままホームストレートを疾走したマシンからは白煙が上がり、コースを1周したのちピットでレースを終えることに。
そんなアクシデントを尻目に、表彰台圏内に上がったauとWAKO’Sの2台は、ここで自己ベストをマークする踏ん張りを見せ、首位のMOTUL GT-Rを3秒差で追走していく。
時刻は16時を回り、周回数も90を超えたところで路面温度は40度を切り、38度まで低下。後方からはアクシデントからカムバックしたマコヴィッキが次々と先行車をかわし、6番手にまで浮上。その前方を行くトップ5も、軒並み1分32秒台のラップタイムを回復してくる。
すると100周を過ぎ、首位MOTUL NSX-GTとのギャップを2秒まで縮めてきたレクサス艦隊にアクシデントが発生。3番手の山下健太が前を行く36号車にコンマ5秒差まで迫ると、102周目にGT300との絡みで中嶋一貴がGT300マシンと13コーナーで接触し、一貴の左フロントが大破。トーロッドまで折れたマシンはそのままガレージインすることに。
直後、3号車とのバトルでポジションを明け渡した5番手走行のリアライズから白煙が上がり、ピットロードエントリーのコース側でマシンを止めると、さらにマシンの火災が進行。消火活動が困難な位置ということもあり、107周目時点でこのレース2度目のSC導入の判断が下される。
