レース35周目、すべてのGT300車両がピットインを済ませ、後半戦がスタート。トップを走るシンティアム・アップル・ロータスと２番手SUBARU BRZ R&D SPORTの差は約4.5秒。その後方、3番手争いは36周目に白熱の様相を見せ、LEON PYRAMID AMGの蒲生尚弥の後ろにGT300クラスルーキーのARTA NSX GT3大湯都史樹が0.5秒差以内で迫る。同じGT3車両ではあるがストレートではLEON PYRAMID AMGのほうが伸びが良く、なかなかその差を詰めることができない。
この時点の順位はシンティアム・アップル・ロータスを先頭に、2番手にSUBARU BRZ R&D SPORT、3番手にLEON PYRAMID AMG、4番手ARTA NSX GT3、5番手はADVICS muta 86MCというオーダー。
レース38周目、前の周ではLEON PYRAMID AMGを捕らえることができなかったARTA NSX GT3だが、先ほどよりその差を詰めて最終コーナーを立ち上がり、スリップストリームを利用して1コーナーで3番手にポジションアップ。しかし、前を走る61井口との差は9.263秒あり、実質のトップ争いはシンティアム・アップル・ロータスとSUBARU BRZ R&D SPORTの2台に絞られた。
レース45周目、膠着状態のトップ争いの後方で５番手争いが白熱する。リアライズ 日産自動車大学校 GT-Rがセクター3でスタートからポジションを落としてしまっていたADVICS muta 86MCのテールを捉える。その頃、グッドスマイル 初音ミク AMGはタイヤトラブルが発生した模様で2度目のピットイン。4輪を交換して再びレースへと戻る。
5番手争いはリアライズ 日産自動車大学校 GT-Rが56周目のストレートでADVICS muta 86MCのスリップストリームに入ると、1コーナーでインを刺し、ジョアオ・パオロ・デ・オリベイラがルーキー小高をオーバーテイク。
レース48周目、300Rからダンロップコーナーまでの間にアールキューズ AMG GT3にタイヤトラブルが発生。なんとかピットに戻るこちらもなんとかピットに戻り、その後タイヤを交換してレースに復帰、チェッカーまで走り切っている。
レース残り約10周あまりになるとトップの２台と2度目のピットインでタイヤを変えたグッドスマイル 初音ミク AMG以外のタイムが39秒台〜40秒台中盤で落ち着いた展開に。
そのグッドスマイル 初音ミク AMG はGT300の周回数で55周目に、3度目のピットイン。再びタイヤを変えてコースに戻り、最終的にチェッカーフラッグを受けているがトップから2周遅れの27位に終わってしまった。
一時は5秒以上の差がついてしまっていたトップのシンティアム・アップル・ロータスと2番手のSUBARU BRZ R&D SPORTだが、井口卓人がスパートをかけ、一周0.2〜0.3秒ずつ速いペースで周回を重ね、レース終了もまもなくといったところの56周目に3.7秒差まで差が縮まる。しかし、残り5周でこの差を詰めることはできず。最終的に2.367秒差で2番手のままチェッカーフラッグを受けた。
14時45分、チェッカーフラッグが振られ、GT300クラスの決勝レースはトップが61周で終了。今季はテストから好調を維持し、前戦はトラブルに見舞われ、悔しい結果となってしまったシンティアム・アップル・ロータスが2020年シーズン初優勝を飾った。加藤寛規はじつに10年ぶりの勝利。チームメイトの柳田は2016年のスーパーGT第3戦もてぎGT500クラスで優勝した以来の勝利となる。
以下、2位はSUBARU BRZ R&D SPORT、3位ARTA NSX GT3、4位LEON PYRAMID AMG、5位リアライズ 日産自動車大学校 GT-R、6位埼玉トヨペットGB GR Supra GT、7位Modulo KENWOOD NSX GT3、8位Hitotsuyama Audi R8 LMS、9位ADVICS muta 86MC、10位TANAX ITOCHU ENEX with IMPUL GT-Rまでがポイントを獲得した。
2位のSUBARU BRZ R&D SPORT、3位のARTA NSX GT3ともに今季初表彰台を獲得となった。
ポイントランキングは開幕戦で勝利し、この第2戦も6位に入賞した埼玉トヨペットGB GR Supra GTの吉田広樹／川合孝汰組が25ポイントでランキング首位をキープ。2位には今回優勝したシンティアム・アップル・ロータス加藤／柳田組が5ポイント差の20ポイント、3位はGAINER TANAX GT-R平中克幸／安田裕信組、SUBARU BRZ R&D SPORT井口／山内組、ARTA NSX GT3高木／大湯組が15ポイントで並んでいる。
以下、リアライズ 日産自動車大学校 GT-R藤波清斗／オリベイラ組14ポイント、LEON PYRAMID AMG蒲生／菅波組14ポイント、マッハ車検 GTNET MC86 マッハ号坂口夏月／平木湧也組11ポイント、Modulo KENWOOD NSX GT3道上龍／ジェイク・パーソンズ組とTANAX ITOCHU ENEX with IMPUL GT-R星野一樹／石川京侍組が7ポイントというトップ10。
2020年のスーパーGT第3戦は舞台を西に移し、鈴鹿サーキットで8月22～23日に行われる。
