スタートから15時間、現地時間は7時を回った頃ル・マンの夜明けを迎えた。首位は依然としてトヨタ7号車で、同車は229周目にピットインし、ロペスからコンウェイにドライバー交代を行ったが、左リヤタイヤの交換時にナットが緩まずホイールガンを交換したため若干のタイムロスがあった。この影響で2番手につける8号車とのギャップが25秒に縮まっている。
しかし、コンウェイ駆る7号車はじわじわとチームメイトとの差を拡げ、サーキットが朝霧に包まれた16時間過ぎにはギャップを37秒とする。さらに16時間21分過ぎには一貴の8号車が通常のスティントよりも若干少ない9周でピットに戻り、ブエミに交代してコースに出ていく。この後2台のトヨタのタイム差は67秒に拡大した。
255周目、ふたたび8号車がピットイン。前回のピットインは248周で明らかにスティントが短い。トヨタのスポークスパーソン曰く、何らかの問題が発生しているため燃料タンクがフルに使えず、フルスティントが不可能な状態にあるとのこと。直前にドライブしていた一貴はドライブ中、無線でエンジンとミッションのデータを確認するようチームに求めていた。
レース開始から17時間8分後、やはり8号車トヨタは問題を抱えている模様で260周目にピットへ。しかし特別な作業はしている様子は見られず。ラップタイムは正常だがピット回数だけが嵩み、首位を行く僚友7号車とのタイム差は2分35秒まで広がった。後方で接近戦を繰り広げている708号車グリッケンハウスと36号車アルピーヌまでは4周のギャップがある。
その後も8号車トヨタは4周、3周の短いスティントを続けていたが、17時間44分過ぎにミュルサンヌの先でスロー走行となり、一度コース脇に停車した。なお、ブエミは直後に走行を再開したが1分20秒ほどタイムを失っている。トヨタ広報の情報のよれば、この際ブエミは無線での指示を頼りにプログラムの設定変更を行い、問題を解決したという。事実、このスティントでは12周をラップしている。
8号車のスロー走行直後、同じ場所で52号車フェラーリの右フロントタイヤがバースト。スロ―走行となっている。その裏では首位を行く可夢偉の7号車が前回のピットインから7周でピットに戻ったが、こちらはチームの指示によるものだという。
スタートから18時間後、その7号車トヨタがチェッカーまで残り6時間となったタイミングでも総合首位をキープしている。総合2番手につけている8号車トヨタは、チームメイトと同じ275周をラップしているが、ギャップはこの1時間ほどで大きく広がり3分04秒となった。総合3番手は4ラップダウンの36号車アルピーヌ。同5番手は708号車グリッケンハウスで、首位からは5周遅れだ。
LMP2クラスもトップ2は変わらず、チームWRTの31号車オレカと41号車オレカが僅差でトップを争っている。クラス3番手は、長らくパニス・レーシング65号車オレカと接近戦を演じていたJOTAの28号車オレカがこの戦いを制し、上位2台を追いかけるかたちだ。
LMGTEプロクラスはAFコルセ51号車フェラーリ488 GTE Evoが依然としてリードを保っており、これを63号車シボレー・コルベットC8.R（コルベット・レーシング）と92号車ポルシェ911 RSR-19（ポルシェGTチーム）が同一ラップで追随している。
プロアマクラスのLMGTEアマもAFコルセがクラスリーダー。83号車フェラーリ488 GTE Evoがトップを走り、クラス2番手が95号車アストンマーティン・バンテージAMR（TFスポーツ）。同3番手には60号車フェラーリ488 GTE Evo（アイアン・リンクス）が入っている。
中盤に好走をみせていた木村武史組57号車フェラーリ488 GTE Evo（ケッセル・レーシング）は夜間にストップした後、エンジントラブルによってリタイアとなった。星野敏と藤井誠暢がドライブする777号車アストンマーティン・バンテージAMR（Dステーション・レーシング）はクラス7番手を走行中。イノベーション部門の“特別枠”から今大会に参戦している青木拓磨組84号車オレカ07（アソシエーションSRT41）は総合35番手につけている。
第89回ル・マン24時間はこの後、現地16時（日本時間23時）に決勝レースのフィニッシュを迎える。
