Q2（7分間）開始時には太陽も顔を出し、路面温度も急上昇する中、僅差のアタック合戦が展開。ジョアオ・パオロ・デ・オリベイラ（LENOVO TEAM IMPUL）、アンドレ・ロッテラー（PETRONAS TEAM TOM’S）、中嶋一貴（PETRONAS TEAM TOM’S）、小林らが0.1秒以内の僅差の上位争いを繰り広げる中、好調な石浦がファイナルラップにタイムを塗り替えトップに。
上位8台が0.25秒という僅差の予選となり、平川亮（KYGNUS SUNOCO Team LeMans）が10番手。やはり午前中のフリー走行でシフト系トラブルに見舞われ、終盤僅かな走行しか出来なかった国本雄資（P.MU/CERUMO・INGING）が12番手で無念のQ2敗退となった。
Q3（7分間）では、ロッテラーとオリベイラ、アンドレア・カルダレッリ（LENOVO TEAM IMPUL）がスタート前からピットロードに車両を並べ、ロッテラーを先陣にコースイン。小林が最後にコースへ向かった。
まずロッテラーがトップタイムをマークするが、その直後にオリベイラがこれを塗り替えトップへ。中嶋一貴は最終コーナーで僅かに挙動を乱したものの、この時点での2番手タイムをマーク。
セッション終盤に入るとホンダ勢の野尻智紀（DOCOMO TEAM DANDELION RACING）がこれまでのタイムを大きく上回る1分32秒台に。しかし、ここで好調石浦が野尻のタイムを100分の2秒上回る驚速タイムをマーク。
その後は小林がオリベイラのタイムを上回り32秒台に入れたものの、上位2台には届かず。石浦が第2戦岡山に続き今季2度目となるポールポジションを獲得した。
